ImageJ

ImageJ
Логотип программы ImageJ
Скриншот программы ImageJ
Скриншот ImageJ
Тип Обработка изображений
Разработчик Wayne Rasband (NIH)
Написана на Java[1]
Операционная система Any (Java-based)
Аппаратная платформа Java Virtual Machine
Последняя версия 1.52u (17 марта 2020)
Репозиторий github.com/imagej/ImageJ
Лицензия Public Domain
Сайт imagej.net
Логотип Викисклада Медиафайлы на Викискладе

ImageJ — программа с открытым исходным кодом для анализа и обработки изображений. Написана на языке Java сотрудниками National Institutes of Health[2] и распространяется без лицензионных ограничений как общественное достояние. Открытый API позволяет гибко наращивать функциональность за счёт подключаемых плагинов, а встроенный макроязык — автоматизировать сложные повторяющиеся действия[3]. ImageJ широко применяется в биомедицинских исследованиях, астрономии, географии и других дисциплинах, связанных с анализом изображений, в качестве альтернативы проприетарному ПО.

Плагины сторонних разработчиков охватывают широкий круг задач анализа и обработки изображений: позволяют проводить трёхмерную визуализацию в диапазоне от клеток до рентгенологических изображений[4], автоматические сравнения[5] вплоть до создания автоматизированных систем изучения, например, в гематологии[6]. Архитектура плагинов ImageJ и встроенная в программу система разработки делает эту платформу весьма популярной для работы и преподавания анализа и обработки изображений[7][8].

Пользоваться ImageJ можно через онлайн-апплет или загрузив приложение. Приложение работает во всех операционных системах, для которых есть виртуальная машина Java Virtual Machine версии от 1.4: Microsoft Windows, Mac OS, Mac OS X, Linux и Sharp Zaurus PDA. Исходный код ImageJ находится в свободном доступе[9].

Идеолог и разработчик проекта — Wayne Rasband (Research Services Branch of the National Institute of Mental Health).

Особенности

ImageJ позволяет отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать 8-битные, 16-битные и 32-битные изображения. Программа может читать многие форматы изображений, в частности, TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS, а также форматы необработанных (англ. raw) данных. ImageJ поддерживает стеки — серии изображений, объединенных в одном окне, а многопоточные трудоемкие операции могут выполняться на многопроцессорных системах в параллельном режиме. В ImageJ можно вычислять площади и статистические показатели пиксельных значений областей изображения, выделяемых вручную или при помощи пороговых функций, измерять расстояния и углы. строить гистограммы плотности и рисовать профили линий. ImageJ поддерживает базовые функции обработки изображений, например, логические и арифметические операции между изображениями, манипуляции с контрастностью, свертки, фурье-анализ, повышение резкости, сглаживание, обнаружение границ и медианный фильтр. Программа позволяет выполнять геометрические преобразования: масштабирование, поворот, отражение и т.д. Количество одновременно используемых изображений ограничивается только объёмом доступной памяти.

История

До начала создания ImageJ в 1997 году аналогичный анализ изображений позволяла проводить бесплатная программа NIH Image для компьютеров Macintosh и операционных систем до Mac OS X. Ее развитием стала программа Image SXM для работы с изображениями, полученными на сканирующих микроскопах, применяемых для физических исследований. Также была разработана версия для Windows, поддерживаемая Scion Corporation. Обе версии по-прежнему доступны[10].

Примечания

  1. ↑ The image_j Open Source Project on Open Hub: Languages Page — 2006.
  2. ↑ Collins T.J. ImageJ for microscopy (англ.) // BioTechniques[англ.] : journal. — 2007. — July (vol. 43, no. 1 Suppl). — P. 25—30. — doi:10.2144/000112517. — PMID 17936939.
  3. ↑ Girish V., Vijayalakshmi A. Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ (англ.) // Indian J Cancer[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 41, no. 1. — P. 47. — PMID 15105580. Архивировано 11 апреля 2011 года.
  4. ↑ Barboriak D., Padua A., York G., Macfall J. Creation of DICOM-aware applications using ImageJ (неопр.) // J Digit Imaging. — 2005. — Т. 18, № 2. — С. 91—9. — doi:10.1007/s10278-004-1879-4. — PMID 15827831.
  5. ↑ Rajwa B., McNally H., Varadharajan P., Sturgis J., Robinson J. AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit (англ.) // Microsc Res Tech[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 64, no. 2. — P. 176—184. — doi:10.1002/jemt.20067. — PMID 15352089.
  6. ↑ Gering E., Atkinson C. A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis (англ.) // J Parasitol[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 90, no. 4. — P. 879—881. — doi:10.1645/GE-222R. — PMID 15357090.
  7. ↑ Burger W., Burge M. Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java (англ.). — Springer, 2007. — ISBN 1846283795. Архивировано 17 мая 2014 года.
  8. ↑ Dougherty, G. Digital Image Processing for Medical Applications (англ.). — Cambridge University Press, 2009. — ISBN 9780521860857.
  9. ↑ Rueden C.T., Eliceiri K.W. Visualization approaches for multidimensional biological image data (итал.) // BioTechniques[англ.] : diario. — 2007. — Luglio (v. 43, n. 1 Suppl). — P. 31, 33—6. — doi:10.2144/000112511. — PMID 17936940.
  10. ↑ NIH Image: About  (неопр.). Дата обращения: 18 ноября 2008. Архивировано 20 апреля 2012 года.

Литература

  • Jurjen Broeke, Jose Maria Mateos Perez, Javier Pascau. Image Processing with ImageJ. — 2nd Edition. — Packt Publishing, 2015. — 256 с. — ISBN 978-1-78588-983-7.
  • Борис Шилов, Николай Энглевский. ImageJ Программа для изучения медико-биологических изображений. Руководство для исследователя. — LAP Lambert Academic Publishing, 2013. — 312 с. — ISBN 978-3-659-37594-1.


Ссылки

  • Домашняя страница ImageJ
  • Wiki документация по ImageJ
  • Обзоры ImageJ от Forrest Mims III in The Citizen Scientist , the journal of the Society for Amateur Scientists.
  • ImageJ в России
  • Инструкции к ImageJ на русском языке

Дистрибутивы

Для облегчения развертывания ПО, ImageJ распространяется также в составе дистрибутивов.

  • Fiji (рекурсивный акроним от Fiji is Just ImageJ): Дистрибутив ориентирован на работу с медико-биологическими изображениями. Поставляется в бинарном виде (x86, x86_64) для основных ОС (Windows, Linux, MacOS). Содержит предустановленные плагины, средство автоматического обновления, интерфейсы для скриптовых языков (см. Scripting).
  • MBF ImageJ, разрабатываемая McMaster Biophotonics Facility. Только для Windows x86.

Подключаемые модули

  • Домашняя страница ImageJ Plugin
  • Проект ImageJ Plugin Project @ Sourceforge.net
  • Плагины для Bio-medical Imaging Архивная копия от 15 января 2020 на Wayback Machine
  • Плагин Image Stabilizer для ImageJ
  • OptiNav набор плагинов: аэроакустика, гистограммы реального времени, деконволюции.
  • Большой набор плагинов от Gabriel Landini
  • плагины редактирования 3D от Albert Cardona.
  • Плагины для оценки поверхностей от GCSCA
  • TrakEM2: плагин для морфологического интеллектуального анализа данных, 3D моделирования, а также сшивания изображений, их регистрации, редактирования и аннотации.
  • Различные плагины от Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp
  • SIFT-реализация от Stephan Saalfeld: облегченная SIFT-реализация под GPL, см. больше о SIFT алгоритме
  • bUnwarpJ от Ignacio Arganda-Carreras: плагин для жесткой и гибкой регистрации изображений.
  • Plugins от Biomedical Imaging Group (EPFL)
  • Преподавание обработки изображений и Java программирования Архивная копия от 6 июля 2011 на Wayback Machine с плагинами ImageJ
  • Томографическая реконструкция по проекциям в виде плагина ImageJ, Университет Париж-юг XI, Orsay

Программа NIH Image

  • Домашняя страница NIH Image
  • Скачать Scion Image