EcoRI

EcoRI
Kristalografska struktura restrikcione endonukleaze EcoRI bez DNK
Identifikatori
Simbol EcoRI
Pfam PF02963
InterPro IPR004221
SKOP 1na6
EcoRI mesto prepoznavanja sa obrascom presecanja označenim zelenom linijom
EcoRI kristalna struktura. Dimer vezan za DNK (1ckq)[1]

EcoRI je endonukleazni enzim izolovan iz sojeva E. coli. On je deo restrikciono modifikacionog sistema.

EcoRI se koristi kao restrikcioni enzim u molekularnoj biologiji. On kreira lepljive krajeve sa prepustima na 5' krajevima. Sekvenca nukleinske kiseline gde enzim preseca je GAATTC, što je komplementarno sa sekvencom CTTAAG. Ovi krajevi su rotaciono simetrični.

Struktura

Primarna struktura

Poput mnogih restrikcionih endonukleaza, EcoRI sadrži PD..D/EXK motiv unutar svog aktivnog mesta. On se tipično koristi za izolaciji i restrikciju bakterijske plazmidne DNK. U EcoRI ovaj motiv se sastoji od ostataka P90, D91, E111, A112, K113(2)1.

Tercijarna i kvaternarna struktura

Ovaj enzim je homodimer podjedinica sa 31 kD, koje sadrže globularne domene sa α/β arhitekturom. Svaka podjedinica sadrži petlju izvan globularnog domena koja se obavija oko DNK pri vezivanju..[2][3]

EcoRI je kokristalisan sa sekvencom koju normalno preseca. Taj kristal je korišten za rešavanje strukture kompleksa 1QPS. Rešena kristalna struktura pokazuje da su podjedinice enzima homodimeri koji simetrično interaguju sa DNK.[2] U kompleksu, dva α-heliksa sa svake podjedinice zajedno formiraju heliksni svežanj.[4] Na interagujućim heliksima su ostaci Glu144 i Arg145, koji formiraju prsten putem kojeg dva aktivna mesta enzima komuniciraju.[5]

Reference

  1. ↑ A. Grigorescu, M. Horvath, P. A. Wilkosz, K. Chandrasekhar and J. M. Rosenberg (2004). „The Integration of Recognition and Cleavage: X-Ray Structures of Pre-Transition State Complex, Post-Reactive Complex, and the DNA-Free Endonuclease”. Nucleic Acids and Molecular Biology 14: 137-177. DOI:10.1007/978-3-642-18851-0_6. [mrtav link]
  2. ↑ 2,0 2,1 Pingoud, A., Jeltsch, A. (2001). „Structure and function of type II restriction endonucleases”. Nucl. Acids Res 29 (18): 3705–3727. DOI:10.1093/nar/29.18.3705. PMC 55916. PMID 11557805. 
  3. ↑ Kurpiewski, M. R., Engler, L. E., Wozniak, L. A., Kobylanska, A., Koziolkiewicz, M., Stec, W. J, Jen-Jacobson, L (2004). „Mechanisms of coupling between DNA recognition and catalysis in EcoRI endonucleases”. Structure 12: 1775–1788. DOI:10.1016/j.str.2004.07.016. PMID 15458627. 
  4. ↑ Bitinaite, J., D. A. Wah, Aggarwal, A. K., Schildkraut, I. (1998). „FokI dimerization is required for DNA cleavage”. Proc Natl Acad Sci U S A 95 (18): 10570–5. DOI:10.1073/pnas.95.18.10570. PMC 27935. PMID 9724744. 
  5. ↑ Kim, Y. C., Grable, J. C., Love, R., Greene, P. J., Rosenberg, J. M. (1990). „Refinement of Eco RI endonuclease crystal structure: a revised protein chain tracing”. Science 249 (4974): 1307–1309. DOI:10.1126/science.2399465. PMID 2399465. 

Literatura

  • Nicholas C. Price, Lewis Stevens (1999). Fundamentals of Enzymology: The Cell and Molecular Biology of Catalytic Proteins (Third izd.). USA: Oxford University Press. ISBN 019850229X. 
  • Eric J. Toone (2006). Advances in Enzymology and Related Areas of Molecular Biology, Protein Evolution (Volume 75 izd.). Wiley-Interscience. ISBN 0471205036. 
  • Branden C, Tooze J.. Introduction to Protein Structure. New York, NY: Garland Publishing. ISBN: 0-8153-2305-0. 
  • Irwin H. Segel. Enzyme Kinetics: Behavior and Analysis of Rapid Equilibrium and Steady-State Enzyme Systems (Book 44 izd.). Wiley Classics Library. ISBN 0471303097. 
  • Robert A. Copeland (2013). Evaluation of Enzyme Inhibitors in Drug Discovery: A Guide for Medicinal Chemists and Pharmacologists (2nd izd.). Wiley-Interscience. ISBN 111848813X. 
  • Gerhard Michal, Dietmar Schomburg (2012). Biochemical Pathways: An Atlas of Biochemistry and Molecular Biology (2nd izd.). Wiley. ISBN 0470146842. 

Povezano

Spoljašnje veze

  • p
  • r
  • u
TemeTipovi
EC1 Oksidoreduktaze/spisak  • EC2 Transferaze/spisak  • EC3 Hidrolaze/spisak  • EC4 Lijaze/spisak  • EC5 Izomeraze/spisak  • EC6 Ligaze/spisak
B enzm: 1.1/2/3/4/5/6/7/8/10/11/13/14/15-18, 2.1/2/3/4/5/6/7/8, 2.7.10, 2.7.11-12, 3.1/2/3/4/5/6/7, 3.1.3.48, 3.4.21/22/23/24, 4.1/2/3/4/5/6, 5.1/2/3/4/99, 6.1-3/4/5-6