APOBEC1

Ідентифікатори

Символи

APOBEC1, APOBEC-1, BEDP, CDAR1, HEPR, apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 1

Зовнішні ІД

OMIM: 600130 MGI: 103298 HomoloGene: 1243 GeneCards: APOBEC1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0010577 enzyme activator activity • hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • mRNA binding • cytidine deaminase activity • RNA binding • каталітична активність • zinc ion binding • hydrolase activity • cytosine deaminase activity • зв'язування з іоном металу • protein domain specific binding • ribonucleoprotein complex binding • mRNA 3'-UTR AU-rich region binding
Клітинна компонента	• клітинне ядро • нуклеоплазма • цитоплазма
Біологічний процес	• DNA cytosine deamination • cellular response to insulin stimulus • response to osmotic stress • mRNA processing • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • response to calcium ion • response to ethanol • regulation of cell population proliferation • response to zinc ion • defense response to virus • cytidine to uridine editing • response to gamma radiation • mRNA stabilization • DNA demethylation • lipoprotein metabolic process • lipoprotein transport • GO:0048554 positive regulation of catalytic activity • lipoprotein biosynthetic process • lipid metabolism • negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin assembly • positive regulation of mRNA modification • cytidine deamination • mRNA modification • triglyceride metabolic process • negative regulation of triglyceride metabolic process
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


339


11810

Ensembl


ENSG00000111701


ENSMUSG00000040613

UniProt


P41238


P51908

RefSeq (мРНК)


NM_005889 NM_001304566 NM_001644


NM_001134391 NM_031159

RefSeq (білок)


NP_001291495 NP_001635 NP_005880


NP_001127863 NP_112436

Локус (UCSC)

Хр. 12: 7.65 – 7.67 Mb

Хр. 6: 122.55 – 122.58 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

APOBEC1 (англ. Apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 236 амінокислот, а молекулярна маса — 28 192^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MTSEKGPSTG	DPTLRRRIEP	WEFDVFYDPR	ELRKEACLLY	EIKWGMSRKI
WRSSGKNTTN	HVEVNFIKKF	TSERDFHPSM	SCSITWFLSW	SPCWECSQAI
REFLSRHPGV	TLVIYVARLF	WHMDQQNRQG	LRDLVNSGVT	IQIMRASEYY
HCWRNFVNYP	PGDEAHWPQY	PPLWMMLYAL	ELHCIILSLP	PCLKISRRWQ
NHLTFFRLHL	QNCHYQTIPP	HILLATGLIH	PSVAWR

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до гідролаз. Задіяний у такому біологічному процесі як процесінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у цитоплазмі.

Література

Hadjiagapiou C., Giannoni F., Funahashi T., Skarosi S.F., Davidson N.O. (1994). Molecular cloning of a human small intestinal apolipoprotein B mRNA editing protein. Nucleic Acids Res. 22: 1874—1879. PMID 8208612 DOI:10.1093/nar/22.10.1874
Lau P.P., Zhu H.-J., Baldini A., Charnsangavej C., Chan L. (1994). Dimeric structure of a human apolipoprotein B mRNA editing protein and cloning and chromosomal localization of its gene. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91: 8522—8526. PMID 8078915 DOI:10.1073/pnas.91.18.8522
Fujino T., Navaratnam N., Scott J. (1998). Human apolipoprotein B RNA editing deaminase gene (APOBEC1). Genomics. 47: 266—275. PMID 9479499 DOI:10.1006/geno.1997.5110
Lau P.P., Zhu H.J., Nakamuta M., Chan L. (1997). Cloning of an Apobec-1-binding protein that also interacts with apolipoprotein B mRNA and evidence for its involvement in RNA editing. J. Biol. Chem. 272: 1452—1455. PMID 8999813 DOI:10.1074/jbc.272.3.1452
Lau P.P., Chang B.-H., Chan L. (2001). Two-hybrid cloning identifies an RNA-binding protein, GRY-RBP, as a component of apobec-1 editosome. Biochem. Biophys. Res. Commun. 282: 977—983. PMID 11352648 DOI:10.1006/bbrc.2001.4679
Hirano K., Min J., Funahashi T., Baunoch D.A., Davidson N.O. (1997). Characterization of the human apobec-1 gene: expression in gastrointestinal tissues determined by alternative splicing with production of a novel truncated peptide. J. Lipid Res. 38: 847—859. PMID 9186903

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:604 (англ.) . Архів оригіналу за 12 березня 2016. Процитовано 22 серпня 2017.
↑ UniProt, P41238 (англ.) . Архів оригіналу за 2 липня 2017. Процитовано 22 серпня 2017.