PRDM16

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2N1I

Ідентифікатори

Символи

PRDM16, CMD1LL, LVNC8, MEL1, PFM13, PR domain 16, PR/SET domain 16, KMT8F

Зовнішні ІД

OMIM: 605557 MGI: 1917923 HomoloGene: 11139 GeneCards: PRDM16

Пов'язані генетичні захворювання

мігрень^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • зв'язування з іоном металу • sequence-specific DNA binding • SMAD binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • DNA binding • nucleic acid binding • histone-lysine N-methyltransferase activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • histone methyltransferase activity (H3-K9 specific) • GO:0102674, GO:0102675 methyltransferase activity • transferase activity
Клітинна компонента	• transcription repressor complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • aggresome • цитоплазма
Біологічний процес	• positive regulation of brown fat cell differentiation • tongue development • transcription, DNA-templated • regulation of cellular respiration • somatic stem cell population maintenance • Нейрогенез • stem cell population maintenance • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • white fat cell differentiation • roof of mouth development • negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway • brown fat cell differentiation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • диференціація клітин • negative regulation of granulocyte differentiation • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • histone lysine methylation • positive regulation of cold-induced thermogenesis • histone H3-K9 methylation • heterochromatin organization • Метилювання
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


63976


70673

Ensembl


ENSG00000142611


ENSMUSG00000039410

UniProt


Q9HAZ2


A2A935

RefSeq (мРНК)


NM_022114 NM_199454


NM_001177995 NM_001291026 NM_001291029 NM_027504

RefSeq (білок)


NP_071397 NP_955533


NP_001171466 NP_001277955 NP_001277958 NP_081780

Локус (UCSC)

Хр. 1: 3.07 – 3.44 Mb

Хр. 4: 154.4 – 154.72 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

PRDM16 (англ. PR/SET domain 16) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 276 амінокислот, а молекулярна маса — 140 251^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MRSKARARKL	AKSDGDVVNN	MYEPNRDLLA	SHSAEDEAED	SAMSPIPVGP
PSPFPTSEDF	TPKEGSPYEA	PVYIPEDIPI	PADFELRESS	IPGAGLGVWA
KRKMEAGERL	GPCVVVPRAA	AKETDFGWEQ	ILTDVEVSPQ	EGCITKISED
LGSEKFCVDA	NQAGAGSWLK	YIRVACSCDD	QNLTMCQISE	QIYYKVIKDI
EPGEELLVHV	KEGVYPLGTV	PPGLDEEPTF	RCDECDELFQ	SKLDLRRHKK
YTCGSVGAAL	YEGLAEELKP	EGLGGGSGQA	HECKDCERMF	PNKYSLEQHM
VIHTEEREYK	CDQCPKAFNW	KSNLIRHQMS	HDSGKRFECE	NCVKVFTDPS
NLQRHIRSQH	VGARAHACPD	CGKTFATSSG	LKQHKHIHST	VKPFICEVCH
KSYTQFSNLC	RHKRMHADCR	TQIKCKDCGQ	MFSTTSSLNK	HRRFCEGKNH
YTPGGIFAPG	LPLTPSPMMD	KAKPSPSLNH	ASLGFNEYFP	SRPHPGSLPF
STAPPTFPAL	TPGFPGIFPP	SLYPRPPLLP	PTSLLKSPLN	HTQDAKLPSP
LGNPALPLVS	AVSNSSQGTT	AAAGPEEKFE	SRLEDSCVEK	LKTRSSDMSD
GSDFEDVNTT	TGTDLDTTTG	TGSDLDSDVD	SDPDKDKGKG	KSAEGQPKFG
GGLAPPGAPN	SVAEVPVFYS	QHSFFPPPDE	QLLTATGAAG	DSIKAIASIA
EKYFGPGFMG	MQEKKLGSLP	YHSAFPFQFL	PNFPHSLYPF	TDRALAHNLL
VKAEPKSPRD	ALKVGGPSAE	CPFDLTTKPK	DVKPILPMPK	GPSAPASGEE
QPLDLSIGSR	ARASQNGGGR	EPRKNHVYGE	RKLGAGEGLP	QVCPARMPQQ
PPLHYAKPSP	FFMDPIYSRV	EKRKVTDPVG	ALKEKYLRPS	PLLFHPQMSA
IETMTEKLES	FAAMKADSGS	SLQPLPHHPF	NFRSPPPTLS	DPILRKGKER
YTCRYCGKIF	PRSANLTRHL	RTHTGEQPYR	CKYCDRSFSI	SSNLQRHVRN
IHNKEKPFKC	HLCNRCFGQQ	TNLDRHLKKH	EHENAPVSQH	PGVLTNHLGT
SASSPTSESD	NHALLDEKED	SYFSEIRNFI	ANSEMNQAST	RTEKRADMQI
VDGSAQCPGL	ASEKQEDVEE	EDDDDLEEDD	EDSLAGKSQD	DTVSPAPEPQ
AAYEDEEDEE	PAASLAVGFD	HTRRCAEDHE	GGLLALEPMP	TFGKGLDLRR
AAEEAFEVKD	VLNSTLDSEA	LKHTLCRQAK	NQAYAMMLSL	SEDTPLHTPS
QGSLDAWLKV	TGATSESGAF	HPINHL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, активаторів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, диференціація, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з PRDM16 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:14000 (англ.) . Процитовано 28 серпня 2017.
↑ UniProt, Q9HAZ2 (англ.) . Архів оригіналу за 7 жовтня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.