U2AF2

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1JMT, 1O0P, 1OPI, 1U2F, 2G4B, 2HZC, 2M0G, 2U2F, 2YH0, 2YH1, 3VAF, 3VAG, 3VAH, 3VAI, 3VAJ, 3VAK, 3VAL, 3VAM, 4FXW, 4TU7, 4TU8, 4TU9, 5EV1, 5EV3, 5EV4, 5EV2

Ідентифікатори

Символи

U2AF2, U2AF65, U2 small nuclear RNA auxiliary factor 2

Зовнішні ІД

OMIM: 191318 MGI: 98886 HomoloGene: 110853 GeneCards: U2AF2

Онтологія гена
Молекулярна функція	• pre-mRNA 3'-splice site binding • poly-pyrimidine tract binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • enzyme binding • C2H2 zinc finger domain binding • RNA binding
Клітинна компонента	• nuclear speck • U2AF complex • Prp19 complex • spliceosomal complex • commitment complex • U2-type prespliceosome • клітинне ядро • нуклеоплазма
Біологічний процес	• mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • positive regulation of protein targeting to mitochondrion • mRNA processing • mRNA export from nucleus • negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome • regulation of autophagy of mitochondrion • positive regulation of RNA splicing • mRNA 3'-end processing • Сплайсинг РНК • RNA export from nucleus • negative regulation of protein ubiquitination
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


11338


22185

Ensembl


ENSG00000063244


ENSMUSG00000030435

UniProt


P26368


P26369

RefSeq (мРНК)


NM_001012478 NM_007279


NM_001205231 NM_133671

RefSeq (білок)


NP_001012496 NP_009210

NP_001192160 NP_598432 NP_001390074 NP_001390075 NP_001390076
NP_001390077 NP_001390078 NP_001390079 NP_001390080 NP_001390083 NP_001390084 NP_001390085 NP_001390087 NP_001390088 NP_001390082

Локус (UCSC)

Хр. 19: 55.65 – 55.67 Mb

Хр. 7: 5.06 – 5.08 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

U2AF2 (англ. U2 small nuclear RNA auxiliary factor 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 475 амінокислот, а молекулярна маса — 53 501^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSDFDEFERQ	LNENKQERDK	ENRHRKRSHS	RSRSRDRKRR	SRSRDRRNRD
QRSASRDRRR	RSKPLTRGAK	EEHGGLIRSP	RHEKKKKVRK	YWDVPPPGFE
HITPMQYKAM	QAAGQIPATA	LLPTMTPDGL	AVTPTPVPVV	GSQMTRQARR
LYVGNIPFGI	TEEAMMDFFN	AQMRLGGLTQ	APGNPVLAVQ	INQDKNFAFL
EFRSVDETTQ	AMAFDGIIFQ	GQSLKIRRPH	DYQPLPGMSE	NPSVYVPGVV
STVVPDSAHK	LFIGGLPNYL	NDDQVKELLT	SFGPLKAFNL	VKDSATGLSK
GYAFCEYVDI	NVTDQAIAGL	NGMQLGDKKL	LVQRASVGAK	NATLVSPPST
INQTPVTLQV	PGLMSSQVQM	GGHPTEVLCL	MNMVLPEELL	DDEEYEEIVE
DVRDECSKYG	LVKSIEIPRP	VDGVEVPGCG	KIFVEFTSVF	DCQKAMQGLT
GRKFANRVVV	TKYCDPDSYH	RRDFW

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до репресорів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Zamore P.D., Patton J.G., Green M.R. (1992). Cloning and domain structure of the mammalian splicing factor U2AF. Nature. 355: 609—614. PMID 1538748 DOI:10.1038/355609a0
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Rappsilber J., Ryder U., Lamond A.I., Mann M. (2002). Large-scale proteomic analysis of the human spliceosome. Genome Res. 12: 1231—1245. PMID 12176931 DOI:10.1101/gr.473902
Tronchere H., Wang J., Fu X.D. (1997). A protein related to splicing factor U2AF35 that interacts with U2AF65 and SR proteins in splicing of pre-mRNA. Nature. 388: 397—400. PMID 9237760 DOI:10.1038/41137
Zhang W.-J., Wu J.Y. (1998). Sip1, a novel RS domain-containing protein essential for pre-mRNA splicing. Mol. Cell. Biol. 18: 676—684. PMID 9447963 DOI:10.1128/MCB.18.2.676
Warf M.B., Diegel J.V., von Hippel P.H., Berglund J.A. (2009). The protein factors MBNL1 and U2AF65 bind alternative RNA structures to regulate splicing. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106: 9203—9208. PMID 19470458 DOI:10.1073/pnas.0900342106

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:23156 (англ.) . Процитовано 22 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, P26368 (англ.) . Архів оригіналу за 22 липня 2017. Процитовано 22 серпня 2017.