NPAS2 |
---|
|
Ідентифікатори |
---|
Символи | NPAS2, MOP4, PASD4, bHLHe9, neuronal PAS domain protein 2 |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 603347 MGI: 109232 HomoloGene: 1887 GeneCards: NPAS2 |
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • Hsp90 protein binding • protein dimerization activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding |
---|
Клітинна компонента | • цитоплазма • transcription regulator complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма |
---|
Біологічний процес | • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • ритмічний процес • GO:1900404 positive regulation of DNA repair • negative regulation of cell death • circadian regulation of gene expression • transcription, DNA-templated • cellular response to DNA damage stimulus • response to redox state • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • central nervous system development • циркадний ритм • regulation of response to DNA damage stimulus • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • regulation of lipid metabolic process • positive regulation of behavioral fear response |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
|
Більше даних |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | |
---|
RefSeq (білок) | | |
---|
Локус (UCSC) | Хр. 2: 100.82 – 101 Mb | Хр. 1: 39.23 – 39.4 Mb |
---|
PubMed search | [1] | [2] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
NPAS2 (англ. Neuronal PAS domain protein 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 824 амінокислот, а молекулярна маса — 91 791[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MDEDEKDRAK | | RASRNKSEKK | | RRDQFNVLIK | | ELSSMLPGNT | | RKMDKTTVLE |
KVIGFLQKHN | | EVSAQTEICD | | IQQDWKPSFL | | SNEEFTQLML | | EALDGFIIAV |
TTDGSIIYVS | | DSITPLLGHL | | PSDVMDQNLL | | NFLPEQEHSE | | VYKILSSHML |
VTDSPSPEYL | | KSDSDLEFYC | | HLLRGSLNPK | | EFPTYEYIKF | | VGNFRSYNNV |
PSPSCNGFDN | | TLSRPCRVPL | | GKEVCFIATV | | RLATPQFLKE | | MCIVDEPLEE |
FTSRHSLEWK | | FLFLDHRAPP | | IIGYLPFEVL | | GTSGYDYYHI | | DDLELLARCH |
QHLMQFGKGK | | SCCYRFLTKG | | QQWIWLQTHY | | YITYHQWNSK | | PEFIVCTHSV |
VSYADVRVER | | RQELALEDPP | | SEALHSSALK | | DKGSSLEPRQ | | HFNTLDVGAS |
GLNTSHSPSA | | SSRSSHKSSH | | TAMSEPTSTP | | TKLMAEASTP | | ALPRSATLPQ |
ELPVPGLSQA | | ATMPAPLPSP | | SSCDLTQQLL | | PQTVLQSTPA | | PMAQFSAQFS |
MFQTIKDQLE | | QRTRILQANI | | RWQQEELHKI | | QEQLCLVQDS | | NVQMFLQQPA |
VSLSFSSTQR | | PEAQQQLQQR | | SAAVTQPQLG | | AGPQLPGQIS | | SAQVTSQHLL |
RESSVISTQG | | PKPMRSSQLM | | QSSGRSGSSL | | VSPFSSATAA | | LPPSLNLTTP |
ASTSQDASQC | | QPSPDFSHDR | | QLRLLLSQPI | | QPMMPGSCDA | | RQPSEVSRTG |
RQVKYAQSQT | | VFQNPDAHPA | | NSSSAPMPVL | | LMGQAVLHPS | | FPASQPSPLQ |
PAQARQQPPQ | | HYLQVQAPTS | | LHSEQQDSLL | | LSTYSQQPGT | | LGYPQPPPAQ |
PQPLRPPRRV | | SSLSESSGLQ | | QPPR |
Кодований геном білок за функцією належить до активаторів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, пошкодження ДНК, біологічні ритми, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном заліза, ДНК, гемом. Локалізований у ядрі.
Література
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
- Reick M., Garcia J.A., Dudley C., McKnight S.L. (2001). NPAS2: an analog of clock operative in the mammalian forebrain. Science. 293: 506—509. PMID 11441147 DOI:10.1126/science.1060699
- Rutter J., Reick M., Wu L.C., McKnight S.L. (2001). Regulation of clock and NPAS2 DNA binding by the redox state of NAD cofactors. Science. 293: 510—514. PMID 11441146 DOI:10.1126/science.1060698
- Hoffman A.E., Zheng T., Ba Y., Zhu Y. (2008). The circadian gene NPAS2, a putative tumor suppressor, is involved in DNA damage response. Mol. Cancer Res. 6: 1461—1468. PMID 18819933 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-07-2094
- Eckel-Mahan K., Sassone-Corsi P. (2013). Metabolism and the circadian clock converge. Physiol. Rev. 93: 107—135. PMID 23303907 DOI:10.1152/physrev.00016.2012
Примітки
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:7895 (англ.) . Процитовано 28 серпня 2017.
{{cite web}}
: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання) - ↑ UniProt, Q99743 (англ.) . Архів оригіналу за 2 січня 2018. Процитовано 28 серпня 2017.
Див. також
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |
|
---|
(1) Основні домени |
---|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
---|
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
---|
(1.4) NF-1 | |
---|
(1.5) RF-X | |
---|
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | підродина 1 | |
---|
підродина 2 | |
---|
підродина 3 | - Стероїдні гормони
- Естроген-зв'язувальні
|
---|
підродина 4 | |
---|
підродина 5 | |
---|
підродина 6 | |
---|
підродина 0 | |
---|
|
---|
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
---|
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
---|
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
---|
(2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
---|
(2.6) WRKY | |
---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
(3.1) Гомеобокс | |
---|
(3.2) Парний бокс | |
---|
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
---|
(3.4) Фактори теплового шоку | |
---|
(3.5) Триптофановий кластер | |
---|
(3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
(4.1) RHR | |
---|
(4.2) STAT | |
---|
(4.3) p53 | |
---|
(4.4) MADS | |
---|
(4.6) TATA | |
---|
(4.7) Високомобільна група | |
---|
(4.9) Grainyhead | |
---|
(4.10) Домен холодового шоку | |
---|
(4.11) Runt | |
---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
(0.2) HMGI(Y) | |
---|
(0.3) Pocket домен | |
---|
(0.5) AP2/EREBP-подібні | |
---|
(0.6) Інші | |
---|
|
|