Pdx1

Pdx1
Ідентифікатори
Символи PDX1, GSF, IDX-1, IPF1, IUF1, MODY4, PAGEN1, PDX-1, STF-1, pancreatic and duodenal homeobox 1
Зовнішні ІД OMIM: 600733 MGI: 102851 HomoloGene: 175 GeneCards: PDX1
Пов'язані генетичні захворювання
partial pancreatic agenesis, maturity-onset diabetes of the young type 9[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція

DNA binding
sequence-specific DNA binding
GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
chromatin binding
GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
transcription factor binding
GO:0032403 protein-containing complex binding
protein heterodimerization activity
promoter-specific chromatin binding

Клітинна компонента

цитоплазма
гіалоплазма
nuclear speck
внутрішньоклітинний
клітинне ядро
нуклеоплазма

Біологічний процес

exocrine pancreas development
negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway
диференціація клітин
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
glucose homeostasis
GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
insulin secretion
GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
generation of precursor metabolites and energy
transcription, DNA-templated
multicellular organism development
GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated
regulation of cell population proliferation
positive regulation of cell population proliferation
nitric oxide mediated signal transduction
glucose metabolic process
animal organ morphogenesis
pancreas development
liver development
positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus
morphogenesis of embryonic epithelium
digestive tract development
negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process
negative regulation of cell population proliferation
GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
endocrine pancreas development
type B pancreatic cell differentiation
transcription by RNA polymerase II
detection of glucose
smoothened signaling pathway
central nervous system development
response to wounding
response to glucose
response to iron(II) ion
response to chlorate
регуляція експресії генів
positive regulation of cell death
GO:1904578 response to organic cyclic compound
animal organ regeneration
response to nutrient levels
positive regulation of insulin secretion
response to vitamin
response to lipid
response to cytokine
response to nicotine
response to leucine
response to alkaloid
positive regulation of DNA binding
GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated
stem cell differentiation
response to glucocorticoid
transdifferentiation
response to fatty acid

Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії


Більше даних
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
3651
18609
Ensembl
ENSG00000139515
ENSMUSG00000029644
UniProt
P52945
P52946
RefSeq (мРНК)
NM_000209
NM_008814
RefSeq (білок)
NP_000200
NP_032840
Локус (UCSC) Хр. 13: 27.92 – 27.93 Mb Хр. 5: 147.21 – 147.21 Mb
PubMed search [2] [3]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

Pdx1 (англ. Pancreatic and duodenal homeobox 1) – білок, який кодується геном PDX1, розташованим у людей на довгому плечі 13-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 283 амінокислот, а молекулярна маса — 30 771[5].

Послідовність амінокислот
1020304050
MNGEEQYYAATQLYKDPCAFQRGPAPEFSASPPACLYMGRQPPPPPPHPF
PGALGALEQGSPPDISPYEVPPLADDPAVAHLHHHLPAQLALPHPPAGPF
PEGAEPGVLEEPNRVQLPFPWMKSTKAHAWKGQWAGGAYAAEPEENKRTR
TAYTRAQLLELEKEFLFNKYISRPRRVELAVMLNLTERHIKIWFQNRRMK
WKKEEDKKRGGGTAVGGGGVAEPEQDCAVTSGEELLALPPPPPPGGAVPP
AAPVAAREGRLPPGLSASPQPSSVAPRRPQEPR

Цей білок за функціями належить до активаторів, білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Транскрипційний фактор залучений до розвитку підшлункової залози та дозрівання β-клітин. Відповідний ген, що його кодує, носить назву Pdx1гризунів) або Ipf1людини).

Література

  • Stoffers D.A., Zinkin N.T., Stanojevic V., Clarke W.L., Habener J.F. (1997). Pancreatic agenesis attributable to a single nucleotide deletion in the human IPF1 gene coding sequence. Nat. Genet. 15: 106—110. PMID 8988180 DOI:10.1038/ng0197-106
  • Francis J., Chakrabarti S.K., Garmey J.C., Mirmira R.G. (2005). Pdx-1 links histone H3-Lys-4 methylation to RNA polymerase II elongation during activation of insulin transcription. J. Biol. Chem. 280: 36244—36253. PMID 16141209 DOI:10.1074/jbc.M505741200

Примітки

  1. Захворювання, генетично пов'язані з Pdx1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
  2. Human PubMed Reference:.
  3. Mouse PubMed Reference:.
  4. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:6107 (англ.) . Архів оригіналу за 26 серпня 2017. Процитовано 29 вересня 2017.
  5. UniProt, P52945 (англ.) . Архів оригіналу за 10 жовтня 2017. Процитовано 29 вересня 2017.

Див. також

  • Хромосома 13
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»

 
Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори
 
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль
/ Лейцинова застібка
(bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
 
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4)
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
  • WRKY
 
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
 
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
 
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
  • AP2
  • EREBP
  • B3
(0.6) Інші