PRDM9

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
4IJD, 5EGB, 5EH2, 5EI9

Ідентифікатори

Символи

PRDM9, MEISETZ, MSBP3, PFM6, PRMD9, ZNF899, PR domain 9, PR/SET domain 9, KMT8B

Зовнішні ІД

OMIM: 609760 MGI: 2384854 HomoloGene: 104139 GeneCards: PRDM9

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0102674, GO:0102675 methyltransferase activity • transferase activity • зв'язування з іоном металу • nucleic acid binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • recombination hotspot binding • histone-lysine N-methyltransferase activity • sequence-specific DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • chromatin DNA binding • histone methyltransferase activity (H3-K4 specific) • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
Клітинна компонента	• нуклеоплазма • внутрішньоклітинний • клітинне ядро • хромосома
Біологічний процес	• meiotic gene conversion • positive regulation of reciprocal meiotic recombination • histone lysine methylation • Метилювання • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0007126 мейоз • transcription, DNA-templated • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • histone H3-K4 methylation
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


56979


213389

Ensembl


ENSG00000164256


ENSMUSG00000051977

UniProt


Q9NQV7


E9Q4V2

RefSeq (мРНК)


NM_020227 NM_001310214 NM_001376900


NM_144809 NM_001361436

RefSeq (білок)


NP_001297143 NP_064612 NP_001363829


NP_659058 NP_001348365

Локус (UCSC)

Хр. 5: 23.44 – 23.53 Mb

Хр. 17: 15.54 – 15.56 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

PRDM9 (англ. PR/SET domain 9, PR domain zinc finger protein 9) – білок, який кодується геном PRDM9, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 894 амінокислот, а молекулярна маса — 103 376^[4]. Фермент, який здатен додавати три метильні групи до 4-го лізину H3-гістону (H3K4-3me, див. табл "Порівняння еу- та гетерохроматину")^[5]. Структурно Prdm9 має домен KRAB, та декілька тандемних цинкових пальців C2H2, що здатні зв'язуватися з ДНК^[6]. Функції Prdm9 полягають у триметилюванні H3K4 під час мейотичної профази, що є потрібною стадією для проходження мейозу. Проте білок Prdm9 не здатен до ди- та моно-метилювання 4-го лізину H3-гістону^[en].

Цей білок за функціями належить до трансфераз, активаторів, регуляторів хроматину, метилтрансфераз. Задіяний у таких біологічних процесах, як регуляція транскрипції, мейоз. Білок має сайт для зв'язування з іоном цинку, S-аденозил-L-метіоніном. Локалізований у ядрі, хромосомах.

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSPEKSQEES	PEEDTERTER	KPMVKDAFKD	ISIYFTKEEW	AEMGDWEKTR
YRNVKRNYNA	LITIGLRATR	PAFMCHRRQA	IKLQVDDTED	SDEEWTPRQQ
VKPPWMALRV	EQRKHQKGMP	KASFSNESSL	KELSRTANLL	NASGSEQAQK
PVSPSGEAST	SGQHSRLKLE	LRKKETERKM	YSLRERKGHA	YKEVSEPQDD
DYLYCEMCQN	FFIDSCAAHG	PPTFVKDSAV	DKGHPNRSAL	SLPPGLRIGP
SGIPQAGLGV	WNEASDLPLG	LHFGPYEGRI	TEDEEAANNG	YSWLITKGRN
CYEYVDGKDK	SWANWMRYVN	CARDDEEQNL	VAFQYHRQIF	YRTCRVIRPG
CELLVWYGDE	YGQELGIKWG	SKWKKELMAG	REPKPEIHPC	PSCCLAFSSQ
KFLSQHVERN	HSSQNFPGPS	ARKLLQPENP	CPGDQNQEQQ	YPDPHSRNDK
TKGQEIKERS	KLLNKRTWQR	EISRAFSSPP	KGQMGSCRVG	KRIMEEESRT
GQKVNPGNTG	KLFVGVGISR	IAKVKYGECG	QGFSVKSDVI	THQRTHTGEK
LYVCRECGRG	FSWKSHLLIH	QRIHTGEKPY	VCRECGRGFS	WQSVLLTHQR
THTGEKPYVC	RECGRGFSRQ	SVLLTHQRRH	TGEKPYVCRE	CGRGFSRQSV
LLTHQRRHTG	EKPYVCRECG	RGFSWQSVLL	THQRTHTGEK	PYVCRECGRG
FSWQSVLLTH	QRTHTGEKPY	VCRECGRGFS	NKSHLLRHQR	THTGEKPYVC
RECGRGFRDK	SHLLRHQRTH	TGEKPYVCRE	CGRGFRDKSN	LLSHQRTHTG
EKPYVCRECG	RGFSNKSHLL	RHQRTHTGEK	PYVCRECGRG	FRNKSHLLRH
QRTHTGEKPY	VCRECGRGFS	DRSSLCYHQR	THTGEKPYVC	REDE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Див. також

Хромосома 5

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:13994 (англ.) . Архів оригіналу за 13 лютого 2018. Процитовано 12 лютого 2018.
↑ UniProt, Q9NQV7 (англ.) . Архів оригіналу за 13 лютого 2018. Процитовано 12 лютого 2018.
↑ Entrez Gene: PR domain containing 9.
↑ Thomas JH, Emerson RO, Shendure J (2009). Extraordinary molecular evolution in the PRDM9 fertility gene. PLoS ONE. 4 (12): e8505. doi:10.1371/journal.pone.0008505. PMC 2794550. PMID 20041164.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

Література

Jiang G.L., Huang S. (2000). The yin-yang of PR-domain family genes in tumorigenesis. Histol. Histopathol. 15: 109—117. PMID 10668202

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма